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Es esperable que durante los procesos infecciosos como la faringitis aguda (ocasionado por virus o bacterias) tus defensas estén un poco bajas, esto se debe a una respuesta normal del cuerpo pues este "gasta" sus defensas.
Adicionalmente si has tenido fiebre es esperable que en ocasiones sientas los "sofocos" que nos describes y también es debido a la infección pues el cuerpo aumenta la temperatura para combatir la infección pero no lo hace de una forma constante por lo que pueden haber momentos donde te sientas con mas calor que otros.
Debes tener presente que si la fiebre es mayor de 38ºC a pesar de tomar paracetamol debes consultar con tu médico para definir la necesidad de pautar antibióticos. De momento es importante aumentar el consumo de líquidos, preferiblemente fríos.
Espero haber resuelto tu inquietud, no dudes en preguntarnos de nuevo y déjanos saber si te ha resultado útil esta respuesta.