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Significa que están actuando correctamente, las pastillas anticonceptivas son hormonas femeninas necesarias para regular en ciclo hormonal, esto significa que ellas con sus componentes lo que hacen en asemejarse a el ciclo menstrual, tanto en ovulación como menstruación realizando pequeños cambios en el moco cervical volviéndolo mas espeso y cambios en el endometrio, lo cual impiden la fecundación.
De igual forma inhiben la ovulación pero sin alterar el ciclo normal, esto quiere decir que no se forma el ovulo pero los cambios hormonales que vienen acompañados a esta etapa del ciclo si se están dando, lo cual explicaría tus síntomas.
Espero haber sido de ayuda, si tienes otra pregunta no dudes en realizarla.