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Prinicipalmente, el sistema endocrino emite señales químicas (hormonas) que viajan en el torrente sanguíneo y tienen efecto en tejidos distantes al órgano productor de la hormona. Por otro lado el sistema nervioso emite señales químicas mediante la comunicación sináptica, que precisa de proximidad anatómica. Otra diferencia podría ser que las hormonas tienen efectos más perdurables, puesto que pueden inducir mecanismos celulares de modulación genética, mientras que los neurotransmisores únicamente inducirán su efecto en la célula efectora mientras se encuentren como metabolitos activos en la hendidura sináptica.
Espero haber colaborado con su duda, quedo al pendiente de cualquier otra situación.