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La efectividad de los anticonceptivos hormonales orales cuándo se usan de forma adecuada (sin retrasos ni olvidos) es mayor al 99%, lo que significa que las probabilidades de embarazo son menores al 1% (muy muy bajas).
Dado que llevas un tiempo considerable con el medicamento y lo usas de forma disciplinada, considero muy poco probable que se trate de un embarazo y por el contrario, pienso que podría tratarse de un efecto secundario del medicamento (las irregularidades del ciclo menstrual son un efecto secundario relativamente frecuente de los anticonceptivos hormonales).
En caso de que los síntomas sean causados por el anticonceptivo, no se requiere ningún tratamiento específico, pero si los síntomas son muy molestos para ti, puedes consultar con tu médico para que establezca si requieres estudios adicionales o incluso cambio de método por uno que toleres mejor.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.