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No me queda muy claro con lo que describes si estás presentando dolor al orinar, ya que en éste caso deberías consultar con tu médico para que descarte un cuadro de infección urinaria, otros signos de alarma para consultar de forma prioritaria son: que presentes dolor abdominal, náuseas y vomito, fiebre, orina con sangre.
Por otro lado, uno de los efectos adversos más comunes de éste tipo de medicamentos (anticonceptivos hormonales) es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, sangrados intermenstruales, retrasos y ausencias del periodo, entre otros.
Es muy probable que tus síntomas estén relacionados con el medicamento anticonceptivo cómo efecto secundario, igual que el dolor pélvico, dolor de espalda y otros que podrían presentarse cómo: dolor en el busto, dolor de cabeza, irritabilidad (éstos son efectos secundarios y no indican disminución de la efectividad anticonceptiva).
Espero haber podido ayudarte y orientarte.