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Si los dos están seguros de no tener más parejas sexuales y saben que no tienen ni han tenido alguna infección de transmisión sexual, es poco probable que estas aftas estén relacionadas.
Las aftas orales están muy vinculadas a las infecciones virales, por los virus típicos que causan gripa. Así que muy probablemente es esto lo que te está sucediendo.
Por el momento, te recomiendo hidratarte muy bien. Si te duelen mucho y no eres alérgico a nada puedes tomar algún anti inflamatorio como ibuprofeno, y existen cremas de venta libre para las aftas que puedes aplicarte y suelen ser de venta libre en la farmacia.
Si empiezas a presentar fiebre (temperatura mayor a 38,3) que dure más de tres días, dificultad respiratoria, que las lesiones se extiendan por toda la boca y no puedas comer, acude a un servicio médico para valoración.