Aunque tu pregunta fue hace ya varios meses, me pareció interesante y tortuoso tu caso y aportas muy buena información y un muy buen resumen de historia médica para analizar. Contestando puntualmente tus preguntas: 1. La E. Coli ingresó por 2 vías o ascendente (desde la uretra peneana) o descendente (desde la vejiga, uréteres, riñón) hasta la uretra prostática o vía hematogena (por la sangre que irriga todas estas estructuras). Esas son las posibilidades. En cuanto a cuándo, es difícil saberlo. Lo más probable es que haya estado intermitente es decir se erradicaba con el tratamiento y reaparecía o se reinfectaba nuevamente.
2. Las bacterias se hacen resistentes porque ellas crean enzimas que degradan, neutralizan o inhabilitan al antibiótico.
3. Tal vez en tu caso los leucocitos "no suben" porque has estado en tratamiento antibiótico y este al combatir la infección ayuda al sistema inmune (leucocitos) por lo que estos no se disparan tanto a que si el organismo se defendiera solo. Las defensas sí las tienes, sino tal vez harías infecciones en otras partes o sistemas de tu cuerpo.
4. A mi juicio, la explicación para tu caso es que tienes la siguiente secuencia de eventos: (a) crecimiento e inflamación de la próstata (lo cual no es normal para tu edad) y esto causa (b) estrechez uretral (según la citoscopia) (c) que causaría retención urinaria (d) que causaría o más bien favorecería infecciones urinarias a repetición o recidivantes.
Sin duda debes seguir en controles con el urólogo. En términos generales deberías aumentar la ingesta de líquidos para aumentar la diuresis y mantener la vejiga "limpia" y por supuesto no "aguantar las ganas de orinar".