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Sí protege, pero no te protege de todas las enfermedades, ni te garantiza una protección del 100%.
Ésto es debido a que otras zonas de la piel quedan expuestas mientras se tienen relaciones, y además, el preservativo es propenso a rupturas o deslizamientos, pudiendo permitir el contacto accidental con fluidos.
Se ha estudiado y demostrado que el uso de preservativo sí disminuye el riesgo de contagiarse, por lo que a pesar de que no es total, por su efectividad se recomienda su uso en todas las relaciones de principio a fin.
Espero mi respuesta te sea de ayuda, si tienes más dudas nos puedes escribir.