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Sí es una prueba fiable. Las pruebas de PCR para el Virus del Papiloma Humano (VPH) tienen un rendimiento para detectar la presencia del virus entre el 92 al 99%. Sin embargo, algunos de ellos tienen la limitación de que no son capaces de detectar todos los tipos del virus, ya que existen más de 100 de ellos. La prueba normalmente detecta aquellos tipos del virus que más se relacionan con el desarrollo de cáncer en los genitales. Así que específicamente en este caso puede que la lesión sea por un tipo del virus que no se detecta en la prueba o que en efecto no corresponda a una verruga viral, sino que tenga una causa diferente. Existen muchas clases de lesiones que pueden aparecer en los genitales y que no se relacionen con infecciones de transmisión sexual, por lo que si la lesión persiste, estará a criterio de tus médicos tratantes la realización de una biopsia para mirar bajo el microscopio las características de la lesión o efectuar algún otro tipo de examen o tratamiento.
Espero haber resuelto tus dudas.