Si estoy tomando probióticos para recuperar la flora intestinal pero la diarrea continúa puedo tomar imodium para pararla

No, no deberías tomar imodium. Es importante que tengas claro que la diarrea puede durar muchos días, lo importante es que mantengas una adecuada hidratación, los probióticos pueden ayudar con el tiempo a disminuir la aparición de un nuevo episodio diarreico, pero el medicamento que tú describes que es loperamida sólo está indicado en algunos casos específicos de diarrea, y la tuya no es de este tipo de diarrea aparentemente, por lo que no deberías tomarlo, únicamente tienes que hidratarte muy bien y continuar con los probióticos. Ten paciencia con los días va la diarrea va a disminuir.

Espero haberte ayudado y estar atento si tienes más dudas.