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La pastilla del día después es un método anticonceptivo de emergencia que actúa produciendo aumento de la consistencia del moco del útero, es decir que lo vuelven más espeso para que los espermatozoides no puedan llegar a fecundar al óvulo y además evitan que la paciente ovule, la efectividad de éste tipo de medicamentos es mayor al 96% siempre que se tomen dentro de las primeras 72 horas de la relación sexual, ya que pasado éste tiempo la efectividad disminuye de forma considerable.
Para responder a tu pregunta, éste tipo de medicamentos pueden producir irregularidades del ciclo menstrual cómo efecto secundario (es relativamente común) así que es muy probable que el primer manchado haya sido por el anticonceptivo y que el que presentas actualmente sea porque tu periodo se adelantó.
Éste tipo de desórdenes del ciclo pueden persistir por algunos meses luego de la toma del medicamento, y dado que tienes una prueba de embarazo con resultados que ya son confiables, considero que efectivamente no estás en embarazo.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.