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En caso de que el manchado marrón sea muy persistente, abundante, si presentas mal olor, dolor abdominal ó pélvico, fiebre, náuseas ó vómito, dolor con las relaciones sexuales, debes consultar de forma prioritaria ya que éstos pueden ser signos de alarma.
Los anticonceptivos orales son medicamentos de uso diario que actúan produciendo aumento de la consistencia del moco del útero, es decir que lo vuelven más espeso para que los espermatozoides no puedan llegar a fecundar al óvulo y además evitan que la paciente ovule, la efectividad de éste tipo de medicamentos es mayor al 99% siempre que se usen de forma adecuada, sin retrasos ni olvidos.
Para responder a tu pregunta, éstos medicamentos pueden producir sangrados intermenstruales más allá de los 3 meses cómo efecto secundario, por lo que pienso que tu manchado muy probablemente es causado por el anticonceptivo.
Si éste sintoma es muy incómodo para ti, puedes consultar con tu médico para discutir cambio del método por unonque toleres mejor.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.