La primera posibilidad de tus síntomas es un embarazo, por el hecho de haber tenido relaciones sexuales sin protección y por el manchado de sangre que presentas, por lo tanto te recomiendo hacerte una prueba de embarazo en cuanto puedas y así descartar esta opción.
En cuanto a las molestias para orinar podrías ser una infección urinaria si presentas síntomas como: ardor al orinar, sensación o deseos de seguir orinando, orinar poquito y seguido, en cuyo caso habría que indicarte un tratamiento antibiótico.
Lo más indicado sería consultar con tu médico tratante para hacer exámenes, hacerte un diagnóstico adecuado e iniciar el tratamiento.
Deberías consultar por urgencias si presentas un sangrado vaginal abundante, como si fuera una hemorragia, o dolor abdominal intenso, o si presentas malestar o fiebre.