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La mayoría de las infecciones respiratorias cómo resfriado, sinusitis, amigdalitis, neumonía, etc, suelen tratarse de forma empírica, es decir con antibióticos que tienen indicación para manejo de infecciones respiratorias, en éste caso la mayoría de los pacientes resuelven de sus cuadros infecciosos.
Para responder a tu pregunta, los exámenes especiales para identificar el microorganismo causante de las infecciones suelen solicitarse cuándo el paciente tiene alguna condición que lo predisponga a adquirir infecciones raras ó si no responde al tratamiento, las 2 pruebas más importante son:
Espero haber podido ayudarte y orientarte.