a que se debe que me duela la vagina y me esté dando dolor en el abdomen bajo después de haber tenido relaciones

Son varias las causas las cuales podrían explicar tus molestias, te las menciono de acuerdo a la localización:

• Zona superficial: infecciones o irritaciones vaginales, himen rígido o infección en las glándulas uretrales y parauretrales. 
• Canal vaginal: falta de lubricación. 
• Zona profunda: endometriosis, inflamación del cérvix o enfermedad inflamatoria pélvica. 

Si el dolor se te presenta con frecuencia, te recomiendo acudir a una valoracion médica, para determinar la causa e instaurar el manejo apropiado.

Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.