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No, no debe suspenderlo.
El tratamiento antibiótico con Amoxicilina es vía oral y no necesita ser suspendido durante la menstruación, los que sí se deben suspender cuando hay menstruación son los tratamientos de óvulos o cremas vaginales y se deben continuar al terminar el sangrado.
Espero haberla orientado, si tiene alguna otra consulta, no dude en contactarnos.