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Entre las causas más comunes de la inflamación del ileón están las infecciones gastrointestinales, tanto de origen viral como bacteriano. Otra causa importante que se relaciona con inflamación en esta región es la enfermedad de Crohn, que es una enfermedad autoinmune inflamatoria, que se manifiesta tipicamente con pérdida de peso, aftas en boca, fístulas en el ano, síntomas de malabsorción intestinal como diarrea constante que puede tener sangre, anemia, entre otros.