Las aftas en la boca no tienen una única causa.
Puede aparecer por traumas locales, como mordidas accidentales, el estrés psicológico, acidez estomacal, el tabaco, el chocolate, café y bebidas ácidas. Algunos pacientes con enfermedades crónicas que tienen deficiencia de algunas vitaminas y minerales como vitamina B12, vitamina C, zinc, hierro y ácido fólico o medicamentos.