Cuándo hacemos ejercicio, todo en nuestro organismo se activa, hay aumento de la frecuencia cardiaca (los latidos del corazón) la respiración se acelera y comenzamos a sudar, por medio del sudor perdemos líquido y por eso podemos sentir la boca seca al hacer ejercicio, es importante hidratarse bien.
Considero que al perder líquido, la garganta puede verse irritada y producir molestia, también, cuándo respiramos mal y respiramos por la boca, la garganta se irrita, recuerda siempre hacerlo por la nariz.
Te recomiendo el consumo de agua durante el ejercicio y manejar la respiración, con esto es muy probable que la molestia mejore e incluso que no se presente, si el dolor empeora de forma considerable ó llegas a presentar fiebre ó mucha dificultad para tragar, te recomiendo consultar.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.