No es que sea necesariamente recomendable, pero si por cuestiones estéticas te hace sentir mejor, entonces no pasa nada malo, puedes continuar con la eliminación de pelos del lunar.
Si prefieres buscar una solución más permanente, podrías consultar con un especialista en dermatología para explorar la posibilidad de realizar una depilación láser en la zona o si el lunar es pequeño, podría ser posible retirarlo por completo con un pequeño procedimiento quirúrgico.