No debe afectar tu columna si estás haciendo los ejercicios con una adecuada postura. No debería dolerte la espalda.
Puedes hacer abdominales como te indique tu entrenador, siempre cuidándote de una buena postura y de no sobre esforzar los músculos para evitar lesiones.
Recuerda hacer estiramientos una vez terminada la rutina y acompañar de una dieta sana.