No tiene que ver con la masturbación.
No es normal el dolor al eyacular, y entiendo la preocupación porque se relaciona con una afección del placer sexual, estrés, ansiedad y baja autoestima.
Es importante que entiendas que no es grave. Pero sí es necesario que te examine tu médico, porque en ocasiones el dolor en la eyaculación se debe a una alteración, inflamación o irritación del área de donde transita el semen, es decir desde la próstata hasta el final del recorrido de la uretra. Esta irritación en ocasiones se debe a alguna infección, alteración en alguno de los nervios del pene hasta problemas psicológicos.
Te recomiendo que sigas en control con tu médico, recuerda usar protección porque enfermedades de transmisión sexual pueden irritar el trayecto de la uretra y hacer que duela. Además si llegas a presentar fiebre, ardor al orinar, salida de pus por la uretra, debes asistir al servicio de urgencias. Recuerda no automedicarte porque puedes empeorar el cuadro.