Si ya has descartado un embarazo, lo que estas presentando, podría ser secundario a la suspensión del método anticonceptivo.
Al suspender la inyección anticonceptiva, tu ciclo menstrual tarda aproximadamente entre 3-6 meses en ser regular y tener una ovulación efectiva, por lo que durante este tiempo podrías presentar alteraciones en tu ciclo, incluyendo manchado intermenstrual o ciclo irregular.
En caso que la ausencia de menstruación (amenorrea,) se prolongue mas allá del tiempo previamente dicho, deberás acudir a tu médico de cabecera para ampliar estudios de la causa de la amenorrea.
Por ahora, te recomiendo el uso del método de barrera si no deseas quedar en embarazo o algún otro tipo de método anticonceptivo.
Espero haber podido ayudarte. En caso de tener alguna otra pregunta, no dudes en hacerla.