tengo dos hámster, casi pegados a mi cama, los tengo en un acuario, separados, me hace mal dormir así todos los días?

No, no habría problema porque en general los hámster no producen enfermedades a los seres humanos y más teniendo en cuenta que se encuentran en casa y no en condición salvaje o expuestos a infecciones, por lo que considero que puedes dormir así. Si quieres tener alguna precaución especial sería el lavado de manos adecuado al limpiarles la pecera. Quedamos atentos a cualquier otra duda.