Sí, pueden alterar el resultado.
Te recomiendo, inicialmente, completar tu tratamiento con lo óvulos vaginales y tomar la prueba de embarazo por lo menos pasados dos días del tratamiento.
Recuerda, la prueba de embarazo en orina, se debe realizar después de una semana de retraso, si la haces antes y sale negativa, pero aun tienes sospecha de embarazo, deberás repetirla. No olvides leer las instrucciones de la caja para evitar errores en la toma. Por el contrario, la prueba en sangre se puede hacer de 10-14 días después de la ultima relación sexual sin protección y mas confiable aún si la haces el día que debió llegar tu menstruación.
Espero haber podido ayudarte. Si tienes alguna otra pregunta, no dudes en hacerla.