No, no le afectaría debido a que el sonido que es usado en la las salas de cine está dentro de los desiveles que el oído puede soportar.
Tu hijo debe experimentar todo tipo de experiencia acordes a el, tú puedes llevarlo a una película de muñequito. Asi el va conociendo todo, si lo inhibes a ciertas cosas a futuro será perjudicial por qué nunca lo ha vivido, ni experimentado.
Espero haberte orientado.