Si tu no has tenido contacto sexual previamente con nadie es muy poco probble que tu tengas el virus del VPH, por lo que en ese caso no es posible que lo hayas contagiado a él.
Lo primero que se debe hacer en confirmar que lo que realmente tenga él sean verrugas por VPH, ya que pueden existir otras lesiones parecidas que hagan equivocar el diagnóstico. Mencionas que ya había sido valorado por eso y le diagnosticaron hongos y mejoró con el tratamiento, por lo que teniendo en cuenta eso y el hecho de que él dice que no ha tenido contacto sexual no nadie, es poco probable que sea VPH. Sin embargo, si en este momento tiene nuevamente lesiones recomiendo que consulte con un Urólogo o médico general para que examinen orienten el diagnóstico, si existiera duda lo que se podría hacer es un examen de ADN de las lesiones, para confirmar qué es lo que tiene.
Lo de la clavícula no creo que sea una verruga dadas las características que mencionas, por lo que creo que tampoco tiene relación.
Ahora en cuanto a la vacuna es algo muy bueno, ya que el tipo de vacunas que existen ahora protegen también para las cepas que causan verrugas, por lo que también es probable que por ese lado estes protegida.
En ese orden de ideas, lo que considero que debes hacer es: que tu novio consulte con un urólogo o médico general y si existiera mucha duda se realice un examen de las lesiones, para confirmar que es lo que tiene, si ninguno ha tenido relaciones sexuales previamente, es poco probable que sea VPH.