Las pecas que mencionas probablemente se traten de algo que se llama petequias, las cuales son unas pequeñas manchitas rojas en forma de puntos que en el caso de tu hijo aparecieron por la tos intensa que tiene.
Salen como consecuencia de rupturas de pequeños vasitos sanguíneos, por el esfuerzo al toser, pero no te preocupes, no es nada malo ni peligroso, si solo están en esta zona del cuerpo. Se irán quitando con el paso de los días.
Lo que si es importante es la tos y fiebre que presenta tu hijo. Te recomiendo que pidas una cita con tu médico tratante para descartar alguna enfermedad infecciosa y dar un tratamiento adecuado.
Recuerda Llevarlo por urgencias si el niño presenta dificultad para respirar, se le hunden las costillas, se le ponen boca o manos moradas o si le sientes un silbido en el pecho.