Si por indigestión se refiere a distencion abdominal tras la ingesta de alimentos asociado a dolor en la parte superior del estómago y sensación de acidez lo más probable es que se trate de un cuadro de gastritis por lo cual lo más pertinente será estudio de la misma (como no aporta edad en la pregunta no es posible indicar que estudio ya que depende de esto último).
Si por el contrario se refiere a diarrea lo más correcto es determinar si hay algún alimento que pudiese ser el causante específico de dichas deposiciones líquidas o sino descartar posibles alergias (lactosa o gluten entre las más frecuentes), cuadros infecciosos y por último alteración del colon.