A nivel de cavidad oral o faringe el papiloma humano puede sospecharse por biopsia de lesiones sospechosas, respuesta del tejido ante la aplicación de lugol (similar a como ocurre en cérvix) o mediante técnicas de detección molecular como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Dependiendo del tipo de lesión asociada se determinará la conducta adicional, en la mayor parte de los casos no requerirá mayor intervención salvo el seguimiento, resección de la lesión de forma quirúrgica o tratamiento con ácido tricloroacético.