Sí, esto podría pasar. La razón es que puede que los gérmenes que ocasionen la balanitis o la gonorrea, sean resistentes a los antibióticos ordenados; también puede pasar que vuelvas a adquirir la infección, es decir que el tratamiento haya funcionado pero otra vez estuviste en contacto con el microorganismo y te re-infectaste.
Si consideras que este es tu caso, debes acudir nuevamente al médico, evita la automedicación.