La recomendación es que no lo hagas. Sabemos que es un poco tedioso depender de pastillas y tener que tomarlas todos los días, pero en tu caso, el hecho de tener acalasia, evita el músuculo que evita que haya reflujo tenga un adecuado movimiento y por tanto no hay algo que te proteja de los jugos gástricos. Si dejas de tomar omeprazol es probable que tus jugos gástricos se tornen bastante ácidos y generen daño, inflamación y molestia en el esófago.
Es pertinente que si sientes que no te está funcionando o que hay algún inconveniente con el medicamento, lo consultes con tu médico tratante.