Lo ideal es siempre contarlo desde el primer dia que como tu dices es aquel dia que empiezas a manchar marron, ya que aunque el flujo es leve ya es sangrado menstrual, y si eso influye en el conteo de los dias fertiles. Por esta razon, te recomiendo que desde el dia de hoy cuentes como el primer dia de la menstruaccion desde aquella mancha marron.