No esta descrito que la amoxicilina pueda interactuar de manera relevante con los anticonceptivos por lo que su efectividad no se vería afectada. A pesar de que la amoxicilina podría alterar la absorción a nivel intestinal la mayoría de los estudios coinciden que aún así se preserva la acción del anticonceptivo por lo que persiste su efecto anovulatorio, es decir, inhibe la ovulación.
Te recuerdo que las relaciones sexuales sin un método de barrera como preservativo son de alto riesgo para enfermedades de transmisión sexual por lo que te recomiendo el uso siempre de preservativo, que además, añadirá un respaldo al método hormonal.