Creo que lo mejor en este caso sería que te revisara un Oftalmólogo, que es un médico especializado en el área. Debido a que existen muchas enfermedades de los ojos que generan los síntomas que describes y son totalmente diferentes, siendo la única forma de diferenciarlas, el examen con lampara de hendidura que sólo lo hacen los oftalmólogos.
Puede ser que efectivamente se trate de una conjuntivitis o de otra infección como una úlcera corneal, pero que no esté respondiendo adecuadamente al tratamiento y requiera el cambio de antibiótico por otro mas selectivo.
Podría ser también un cuerpo extraño localizado sobre la superficie del ojo, siendo el retiro del mismo, la única forma de obtener mejoría.
Espero haberte servido de gran ayuda.