Un embarazo parece realmente poco probable bajo las condiciones que describes pero de igual manera una prueba de embarazo suele indicarse para descartar esta causa como origen de la amenorrea (ausencia de menstruación). Es lo más probable que el cambio de componentes hormonales de las pastillas haya alterado tus ciclos menstruales manifestándose con un efecto adverso descrito de las pastillas anticonceptivas sin que esto de alguna manera signifique que su efectividad se ha visto comprometida.
Lo indicado es que continues con las tomas regulares respetando el horario de las tomas y complementando el método con el uso de preservativo.