Si puede ser normal que te duela la cabeza si cursas con una infeccion urinaria, sobretodo si tienes fiebre y malestar general puede ser normal el dolor de cabeza. Recuerda que la infeccion urinaria es causada por una bacteria y no por un virus.
Lo ideal es tomar el medicamento segun las indicaciones medicas y con horarios estrictos, ya que si la toma no es de manera juiciosa y segun los horarios estipulados, la infeccion puede volver aparecer en poco tiempo o que el tratamiento no funcione, incluso que la bacteria se puede vuelver mas resistente y deba requerir de antibioticos un poco mas potentes para erradicarla. te recomiendo el uso de analgesicos de venta libre en farmacias como anproxeno, ibuprofeno y diclofenaco para disminuir el dolor de cabeza.