Dependiendo de su causa inicial los quistes encefálicos se pueden tratar o no. Si se trata de un quiste infeccioso se puede intentar dar tratamiento con antibióticos orales y seguirlo para ver si resuelve. Pero si se trata de un quiste idiopático, es decir, con causa indeterminada, pero que no cambia de tamaño ni está produciendo ningún síntoma al paciente, se deja como algo crónico y se le sigue periódicamente para asegurarse de que no ha crecido y que se trata de algo benigno.