La producción de anticuerpos en el hipotiroidismo autoinmune se encuentra dirigida contra estructuras específicas de dicha glándula, el hipotiroidismo no controlado se relaciona con abortos o eventos adversos durante el embarazo, cuando este es adecuadamente controlado se puede llevar una gestación a término bajo vigilancia de forma segura. Por otro lado el hipotiroidismo autoinmune puede relacionarse a otras condiciones de autoinmunidad en algunos pacientes, que si incremente el riesgo de formación de otro tipo de autoanticuerpo que pueda generar pérdidas gestacionales recurrentes.
La fertilidad no se ve mayormente afectada bajo un adecuado control endocrino.