Para diagnosticar el organismo que produce una infección gastrointestinal sólo es requerido un coprológico o coproscópico según la edad del paciente, un método que consiste en visualizar directamente al microscopio la presencia de bacterias o parásitos, entre otros hallazgos que sugieran una o la otra. No es necesario realizar biopsias, endoscopias ni colonoscopía de rutina.