No, la tableta de emergencia no causaría ninguna repercusión en tu método, pero si en tu ciclo menstrual, por qué podrías presentar sangrado de 5-10 días después de ingerida.
Cuando te corresponda la colocación de la ampolla la aplicas normalmente.
Por otro lado no es necesario usar una píldora de emergencia, si aplicas tu método de forma correcta.