Durante la terapia con Omeprazol se ha reportado:
cefalea, mareo, sarpullidos, debilidad, dolor en la espalda, diarrea, dolor abdominal, náuseas, vómito, estreñimiento, infecciones del tracto respiratorio superior, tos, agranulocitosis, alopecia, alucinaciones, anafilaxia, anemia hemolítica, angina, angioedema, atrofia mucosa (lengua), candidiasis esofágica, encefalopatía hepática, eritema multiforme, síndrome de Stevens-Johnson, falla hepática (necrosis), gastritis atrófica, ginecomastia, hiponatremia, ictericia, leucocitosis, nefritis intersticial, neutropenia, pancitopenia, pancreatitis, parestesias, reacciones alérgicas, somnolencia, trombocitopenia, urticaria, vértigo y visión borrosa.
Si se toma de forma controlada y en las dosis correcta, son más bien pocas las consecuencias de su uso.