La vaginosis bacteriana se debe principalmente a una alteración de la flora bacterina o microbiota normal de la mucosa vaginal. En ella habitan unos bacilos que mantienen un PH ácido que previene infecciones y la proliferación de bacterias. Si este PH se altera por disminución de los bacilos (a eso se debe la vaginosis) las bacterias infecciosas pueden crecer con más facilidad y ser causal de flujos anormales. El tratamiento de la vaginosis busca reestablecer la cantidad normal de bacilos y erradicar las bacterias infeccionas. Generalmente esto se logra con tratamiento a base de Metronidazol. No se conoce el por qué se produce o se hace recurrente.