Quisiera saber la razón por la cual no es recomendable tener relaciones sexuales con o sin condón mientras se realiza la aplicación de crema vaginal para una infección.

Porque las infecciones hacen que haya inflamación de la mucosa vaginal, cosa que también hace la relación sexual. Por eso se recomienda terminar su tratamiento para la infección vaginal y después de unos días retomar sus relaciones sexuales.
Tampoco es que tener relaciones dañe su tratamiento, sino que se suspende para que la mucosa se regenere de mejor manera.