Debido a la relación sexual a la que estuviste expuesta sin protección alguna, es bastante probable que lo que tengas efectivamente sea un herpes genital. Este se debe manejar con medicamentos pero debes saber que tu cuerpos siempre tendrá memoria sobre la infección y que a penas tu sistema inmune se debilite un poco van a volver a aparecer. En estos casos debes acudir con un médico general para que te enseñe a manejarlo para que desaparezcan rápidamente y debes ser plenamente consciente de que debes protegerte durante la relación sexual para no trasmitirlo a nadie más.
Por otro lado es importante que acudas con un médico general para que te hagan un cultivo de secreción faríngea y evaluar otras posibles causas de dolor en la garganta ( reflujo gastroesofágico, lesiones en la faringe, broncoobstrucción, etc.). Esto con el fin de dar con la causa de tu molestia y que finalmente se le pueda dar solución, tan pronto como sea posible.
Como te digo, lo más oportuno es consultar con un médico para que inicien los estudios pertinentes y te den los medicamentos que requieres