El aumento en las deposiciones puede tener muchas causas que se deben pensar antes de algo tan grave como el VIH, además que estos síntomas no son específicos del virus. Lo que le puede estar pasando es que tenga una infección, parásitos, cambios en la alimentación e incluso situaciones emocionales -cambios de humor, estrés- que pueden alterar el hábito intestinal.
Le recomiendo que no se preocupe tanto si ya tiene unas pruebas negativas, que según lo especifica por ello puede estar tranquilo.