Hace 2 semanas aproximadamente tuve relaciones con mi novio, él usó condón pero al penetrarme sentí un dolor muy fuerte y cuando ya estaba dentro el dolor era m...(ver más)

Posiblemente el dolor que presenta al examen físico y la penetración sea por la inflamación, tiene que seguir las indicaciones dadas por su médico tratante. El retraso posiblemente sea por alteraciones hormonales y no tenga nada que ver con un embarazo.
Si usted desea descartarlo es recomendable que realice una prueba idealmente en sangre. El que presente cólicos puede ser por la proximidad a la menstruación.