Puede que no se sienta nada de hecho y la detección se haga cuando se hace endoscopia de vías digestivas. El VPH suele formar lesiones -tipo verrugas- en la mucosa del esófago que pueden no generar síntomas o a lo sumo causar algún tipo de "hemoptisis" ocasional o escupir sangre proveniente del esófago debido a ulceración de las lesiones ya presentes.
Ocasionalmente en estadios de lesiones muy avanzadas o múltiples se pueden presentar disfagias o dificultades al tragar.