Durante la vida fértil de una mujer, una concentración baja de AMH puede indicar la existencia de pocos óvulos y de pobre calidad (reserva ovárica baja) y -por consiguiente- una baja fertilidad, lo que resultaría en una pobre o mínima respuesta a procedimientos de fertilización in vitro (FIV). También puede indicar que los ovarios no funcionan normalmente (fallo ovárico prematuro).
Si los niveles de AMH van disminuyendo y/o disminuyen de manera significativa en un momento determinado, se puede pensar en el inicio inminente de la menopausia. Es normal hallar valores muy bajos de AMH en mujeres durante la infancia y después de la menopausia. En el Síndrome del Ovario Poliquístico (SOP) se suelen encontrar niveles elevados de AMH, aunque no son diagnósticos de la enfermedad.
Aumentos de AMH también pueden indicar una respuesta elevada o excesiva a la FIV y por lo tanto la necesidad de ajustar el procedimiento. Si la AMH se emplea en la monitorización de un cáncer de ovario productor de AMH, una disminución de la hormona indica respuesta al tratamiento mientras que un aumento puede estar indicando una recurrencia de la enfermedad.