Se sabe que la cloroquina se concentra en los plasmodios alojados en los eritrocitos y se cree que se acumula en las vacuolas digestivas del parásito aumentando el pH y acelerando el metabolismo de los fosfolípidos. La cloroquina también es efectiva en el tratamiento de la amebiasis extraintestinal, sola o conjuntamente con otros fármacos. En la amebiasis intestinal la cloroquina no es eficaz debido a que es prácticamente absorbida en su totalidad. La cloroquina ejerce unos efectos antiinflamatorios antagonizando la histamina y la serotonina e inhibiendo la síntesis de prostaglandinas. Sin embargo, la hidroxicloroquina es preferible en el tratamiento de enfermedades inflamatorias por ser menos tóxica que la cloroquina, se recomienda asistir a cita con su médico tratante.